Geneza powstania Parafii Miłosierdzia Bożego związana jest z dynamicznym rozwojem Ząbek w latach 60 i 70 ubiegłego wieku oraz wynikającą stąd potrzebą powołania do istnienia kolejnego ośrodka duszpasterskiego. Dobrze zdawał sobie z tego sprawę proboszcz jedynej wówczas ząbkowskiej parafii Świętej Trójcy – ks. Tadeusz Karolak, który złożył stosowny wniosek do władz kościelnych. Te z kolei podjęły dalsze działania, w wyniku których 10 października 1982 r. został skierowany do Ząbek, z zadaniem zorganizowania nowej placówki duszpasterskiej, ks. Wacław Kulesza.
Podejmując się tego zadania, ks. Wacław opuścił parafię św. Stefana w Warszawie, gdzie był wikariuszem i przybył do parafii Świętej Trójcy. Od pierwszych dni rozpoczął starania o uzyskanie placu pod budowę kościoła. 1 grudnia 1982 r. zlecił opracowanie projektów architektonicznych budynków kościelnych. Zaczął też gromadzić materiały oraz maszyny budowlane. Podczas wizytacji duszpasterskiej w rodzinach zamieszkałych na terenie nowo organizowanej parafii (było ich wtedy 2561), ks. Kulesza spotkał się z niezwykle przychylnym nastawieniem, co zaowocowało rychłym powstaniem Tymczasowego Komitetu Budowy Kościoła, stanowiącego zalążek Rady Parafialnej. 26 marca 1983 r. odbyło się pierwsze posiedzenie tego Komitetu, na którym – w celu zapewnienia stałego dopływu funduszy potrzebnych do rozpoczęcia i prowadzenia budowy świątyni – postanowiono m.in. powołać 80-osobowy zespół inkasentów (kwestarzy), mających zbierać comiesięczne ofiary według sporządzonych list rodzin. Dla sprawniejszego przeprowadzania kwesty oraz prac społecznych na rzecz budowy, teren przyszłej parafii podzielono na cztery rejony: Klin, Drewnica, Batorego i za szkołą nr 2.
1 kwietnia 1983 r. prezydent Warszawy, gen. Mieczysław Dębicki, zatwierdził lokalizację terenu pod budowę świątyni. To oczekiwane niecierpliwie przez wszystkich wiernych wydarzenie nastąpiło w Wielki Piątek, w Roku Świętym ogłoszonym przez papieża Jana Pawła II z okazji Jubileuszu Odkupienia. Przyznany plac o powierzchni 9637 m2 mieści się między ulicami: 11 Listopada, Konopki (obecnie Kard. Stefana Wyszyńskiego), Wigury i Serwitutową (obecnie Ks. Wacława Kuleszy). 24 sierpnia 1983 r. bp Jerzy Modzelewski odprawił na ołtarzu polowym pierwszą Mszę św. i pobłogosławił plac oraz wzniesiony na nim krzyż.
Mimo, że komisja kurialna już w 1983 r. wybrała i zatwierdziła do realizacji projekt architektoniczny zabudowań kościelnych (autorstwa inż. Jerzego Kuźmienki), przedłużająca się procedura zatwierdzenia tego projektu przez czynniki państwowe skłoniła ks. proboszcza do podjęcia decyzji o przerobieniu stojącej na placu wiaty budowlanej na tymczasową kaplicę. 12 grudnia 1983 r. Prymas Polski Józef kard. Glemp pobłogosławił kaplicę i erygował w niej stacje Drogi Krzyżowej. Ofiarował też obraz Miłosierdzia Bożego, który następnie został umieszczony w ołtarzu głównym kaplicy (obecnie znajduje się on w kościele, w miejscu przechowywania relikwii św. Faustyny). Wydarzenia te mogły się urzeczywistnić dzięki wydanemu dwa dni wcześniej Dekretowi Księdza Prymasa, ustanawiającemu prawie-parafię oraz jej rektora w osobie ks. Wacława Kuleszy. Dokument zezwalał na sprawowanie w nowej kaplicy posług religijnych i duszpasterskich z chrztami, ślubami i pogrzebami włącznie, oraz na prowadzenie ksiąg kancelaryjnych.
Decyzją z 9 maja 1984 r. Naczelnik Miasta Ząbki przekazał w wieczyste użytkowanie Rektoratowi Miłosierdzia Bożego w Ząbkach plac przy ul. 11 Listopada. W tym samym miesiącu ruszyły prace budowlane przy wznoszeniu domu administracyjno-katechetycznego. Natomiast w lipcu do parafii skierowani zostali pierwsi wikariusze: ks. Jan Kulesza i ks. Antoni Kulikowski. W tym miejscu podkreślić należy zaangażowanie księży pallotynów (prowadzących na ulicy Wilczej w Ząbkach Wydawnictwo i Drukarnię „Apostolicum” oraz Sekretariat Misyjny), którzy w pierwszych latach istnienia parafii służyli wielką pomocą duszpasterską.
Rok 1984 był pierwszym w historii parafii, kiedy miały miejsce takie wydarzenia, jak: rekolekcje adwentowe i wielkopostne, Pierwsza Komunia św., odpust parafialny, procesja Bożego Ciała i doroczna trzydniowa adoracja Najświętszego Sakramentu. Zaczęły działać zespoły parafialne i rozpoczęła się katechizacja – w pomieszczeniach szkoły katechetycznej parafii Świętej Trójcy oraz w kaplicy (dzieci młodsze.
Wiosną 1985 r. przystąpiono do budowy fundamentów oraz murów kościoła. Prowadzono ją równolegle z budową domu parafialnego, który został pobłogosławiony przez Józefa kard. Glempa 28 grudnia 1986 r. i niemal od razu był wykorzystywany zgodnie ze swoim przeznaczeniem – mieszkali w nim księża (do czerwca 1997 r., kiedy do użytku oddany został budynek plebanii), odbywała się katechizacja, miały miejsce zebrania zespołów parafialnych.
Wiosną 1985 r. przystąpiono do budowy fundamentów oraz murów kościoła. Prowadzono ją równolegle z budową domu parafialnego, który został pobłogosławiony przez Józefa kard. Glempa 28 grudnia 1986 r. i niemal od razu był wykorzystywany zgodnie ze swoim przeznaczeniem – mieszkali w nim księża (do czerwca 1997 r., kiedy do użytku oddany został budynek plebanii), odbywała się katechizacja, miały miejsce zebrania zespołów parafialnych.
28 lutego 1988 r. Ksiądz Prymas przekształcił dotychczasowy Ośrodek Duszpasterski erygując w nim parafię Miłosierdzia Bożego w Ząbkach. Uroczystego wmurowania kamienia węgielnego – pochodzącego z grobu św. Faustyny i pobłogosławionego przez papieża Jana Pawła II podczas jego pielgrzymki do Polski w 1987 r. – dokonał Józef kard. Glemp 13 września 1988 r.
W czerwcu 1989 r. brygada murarska rozpoczęła stawianie ścian drugiej kondygnacji kościoła. Intensywnym działaniom, zmierzającym do wybudowania kościoła materialnego, towarzyszyły liczne wydarzenia i przedsięwzięcia, których celem była troska o rozwój duchowy parafii. Jednym z ważniejszych była trwająca 5 lat peregrynacja kopii cudownego obrazu Matki Bożej Jasnogórskiej, który w latach 1987-1992 nawiedził wszystkie tutejsze rodziny.
19 maja 1991 r. pochodzący z nowej parafii – ks. Grzegorz Rowicki, odprawił Mszę św. prymicyjną
Od września 1991 r. ksiądz proboszcz udostępnił budynek katechetyczny Szkole Podstawowej nr 2 celem poprawy warunków nauczania i skrócenia drogi do szkoły dzieciom mieszkającym w północnej części Ząbek. Było to możliwe, ponieważ religia powróciła do szkolnych programów nauczania i szkoła katechetyczna nie była już w pełni wykorzystywana. Sześć lat później zaczęła tam funkcjonować również niepubliczna Katolicka Szkoła Podstawowa.
Jesienią 1992 r. prace budowlane przy kościele były na tyle zaawansowane, że pojawiła się realna możliwość i zarazem wielka nadzieja na obchodzenie najbliższych świąt Bożego Narodzenia w nowej świątyni – co też się stało. W uroczystość Narodzenia Pańskiego ordynariusz nowej diecezji warszawsko-praskiej, w granicach której znalazła się również parafia Miłosierdzia Bożego w Ząbkach, bp Kazimierz Romaniuk pobłogosławił nową świątynię, aby można było sprawować w niej kult.
31 marca 1993 r. w wieży kościoła zawieszone zostały trzy dzwony, natomiast 14 maja stanęły na jej szczycie trzy krzyże. 15 kwietnia 1994 r. krakowski artysta Maciej Kauczyński dostarczył oczekiwany projekt wystroju wnętrza świątyni, który był stopniowo realizowany. Między innymi w 1995 r. wykonano Drogę Krzyżową, która została pobłogosławiona przez bpa Stanisława Kędziorę wraz z amboną, chrzcielnicą oraz Kaplicą Matki Bożej i znajdującym się w niej obrazem Pani Jasnogórskiej. W grudniu parafia otrzymała figurę Chrystusa Uwielbionego, zamówioną u artysty krakowskiego A. Szpunara. W niedzielę 14 września 1997 r. bp Kędziora uroczyście wprowadził do świątyni relikwie s. Faustyny Kowalskiej.
W marcu 1998 r. miały miejsce pierwsze w dziejach parafii misje święte, prowadzone przez Misjonarzy Świętej Rodziny. Krzyż stojący na placu przed kościołem jest pamiątką tych misji.
We wrześniu 1998 r. zmarł proboszcz Wacław Kulesza. Jego następcą został ks. Władysław Trojanowski.
Podczas dziewięcioletniego pobytu w Ząbkach udało mu się doprowadzić niemal do końca dzieło poprzednika oraz przeprowadzić szereg własnych projektów. W pierwszej kolejności podjęte zostały prace związane z przygotowaniem świątyni do uroczystego poświęcenia, m.in. zainstalowano witraże w oknach, zakupiono dębowe ławki, ustawiono nowe konfesjonały, oddano do użytku dolną część kościoła wraz z zapleczem, obłożono granitem schody wejściowe, ogrodzono teren wokół świątyni, rozpoczęto doposażanie kościoła w paramenty liturgiczne.
Nowy proboszcz kontynuował starania o sprowadzenie do parafii sióstr ze Zgromadzenia Świętego Michała Archanioła – rozpoczęły one swoją posługę parafialną w sierpniu 1999 r. We wrześniu siostry michalitki otworzyły przedszkole parafialne, mieszczące się w budynku dawnej kaplicy. W tym czasie parafia liczyła ok. 8500 wiernych.
W Niedzielę Miłosierdzia Bożego, 30 kwietnia 2000 r., ordynariusz diecezji warszawsko-praskiej bp Kazimierz Romaniuk uroczyście poświęcił kościół w obecności blisko 3 tys. parafian.
27 października 2001 r., w rocznicę uwolnienia Stefana kard. Wyszyńskiego, została odprawiona uroczysta Msza św., po której nastąpiło odsłonięcie stojącego przy głównym wejściu do świątyni pomnika Prymasa Tysiąclecia, autorstwa Czesława Dźwigaja z Krakowa. Uroczystości przewodniczył bp Romaniuk. Natomiast honorowy patronat nad pracami i uroczystością objął Józef kard. Glemp.
W 2003 r. – z myślą o dzieciach i młodzieży z północnej części Ząbek – ksiądz proboszcz wyraził zgodę i zaangażował się w uruchomienie w pomieszczeniach kościelnych gminnej świetlicy środowiskowej.
Z okazji 100. rocznicy powstania Szpitala dla Nerwowo i Psychicznie Chorych „Drewnica”, znajdującego się na terenie parafii, bp Romaniuk pobłogosławił 9 maja 2003 r. nową kaplicę szpitalną znajdującą się w zaadaptowanym na ten cel zabytkowym budynku. Parafia aktywnie włączyła się zarówno w same obchody jubileuszu, jak i w prace remontowe w kaplicy, zakupując m.in. tabernakulum.
W czerwcu 2007 r. nastąpiła zmiana na stanowisku proboszcza parafii Miłosierdzia Bożego. Decyzją abpa Sławoja Leszka Głódzia stanowisko to objął ks. kanonik Andrzej Kopczyński.
