1 września 1997 r. Stowarzyszenie Przyjaciół Szkół Katolickich założyło w Ząbkach niepubliczną Katolicką Szkołę Podstawową, w której naukę rozpoczęło 45 uczniów.
Milowym krokiem w rozwoju szkoły było przekształcenie jej w 2002 r. w placówkę o charakterze publicznym, w której nauka była bezpłatna. Stało się to możliwe dzięki przychylności ówczesnych ząbkowskich władz samorządowych.
Kolejną ważną datą w jedenastoletniej historii placówki był bez wątpienia dzień, w którym Parafia Miłosierdzia Bożego stała się formalnie podmiotem prowadzącym szkołę. Nastąpiło to 1 września 2004 r. przy wielkim zaangażowaniu ówczesnego proboszcza – ks. Władysława Trojanowskiego.
Na dziesięciolecie istnienia ordynariusz diecezji warszawsko-praskiej, abp Sławoj Leszek Głódź – 1 czerwca 2007 r. – nadał szkole imię ks. Jana Twardowskiego oraz uroczyście pobłogosławił sztandar szkoły. Od tej chwili mottem szkoły stały się słowa jej patrona: Bogu się mówi „TAK”.
Obecnie szkoła nosi nazwę: Zespół Publicznych Szkół Katolickich im. ks. Jana Twardowskiego. W jego skład wchodzą: szkoła podstawowa oraz gimnazjum, w których w 15 oddziałach uczy się łącznie 293 uczniów.
Podstawowym celem Zespołu Szkół jest kształcenie i wychowanie uczniów – w oparciu o zasadę personalizmu chrześcijańskiego – do odpowiedzialności za siebie i za innych oraz za dobro wspólne w życiu rodzinnym i społecznym. Celem procesu kształcenia i wychowania jest synteza wiary i nauki, dlatego ważnym aspektem funkcjonowania szkoły jest formacja duchowa nie tylko uczniów, ale także nauczycieli i rodziców. Obejmuje ona cotygodniowe nabożeństwa szkolne, rekolekcje, dni skupienia i pielgrzymki.
Uczniowie i absolwenci szkoły katolickiej osiągają bardzo dobre wyniki w nauce. Jest to zasługa ich wytężonej pracy, dobrych relacji szkoły z rodzicami, a przede wszystkim zaangażowania w realizację powierzonych zadań ze strony nauczycieli.
Stale rosnąca liczba kandydatów ubiegających się o przyjęcie do szkoły świadczy o wielkim społecznym zapotrzebowaniu na tego typu placówki.
